IX. Okres II wojny światowej
Dnia 1 września Kwiatkowski o godz. 6.30 otrzymał krótki telefon od premiera Składkowskiego: "Niemcy zaczęli, zaraz my zaczniemy".
1 września na popołudniowym posiedzeniu Rady Ministrów zatwierdzone zostały dekrety, które przewidywały zwiększenie przeciętnie o 20 % podatku dochodowego od uposażeń pracowników prywatnych, wprowadzenie daniny majątkowej dla osób o dochodach fundowanych, zastąpienie podatku specjalnego od wynagrodzenia nadzwyczajnym podatkiem o znacznie podwyższonych stawkach. Poza tym Kwiatkowski wprowadził w życie dekret o kredytach wojennych. Rada Ministrów uchwaliła także dekret i zmianę statutu Banku Polskiego rozluźniający politykę emisyjną, dekret o czasowym ograniczeniu na 7 dni wypłat z książeczek oszczędnościowych i z innych wkładów, dekret o podwyższeniu emisji biletów skarbowych i o nowelizacji przepisów dewizowych. Zwiększone zostały w tym czasie zasiłki dla rodzin rezerwistów. Uruchomiono m.in. kredyt 5 mln zł dla Komitetu Rodzin Rezerwistów i Ofiar Wojny powołanego z inicjatywy ministra Mariana Zyndrama- Kościałkowskiego.
Dnia 3 września Kwiatkowski, mimo pesymistycznych wieści z frontu, poddał się ogólnemu entuzjazmowi wywołanemu przystąpieniem Wielkiej Brytanii i Francji do wojny. Ale już 4 września w Ministerstwie Skarbu rozpętała się prawdziwa orgia ewakuacyjna.
W nocy 7 września Kwiatkowski otrzymał z Ministerstwa Spraw Wewnętrznych telefon z poleceniem natychmiastowego opuszczenia Warszawy. Następnego dnia, jako jeden z ostatnich członków rządu, wyjechał ze stolicy w kierunku Łucka trasą Mińsk Mazowiecki - Siedlce-Łuków. Do Łucka przybył 9 września. Tutaj miano uruchomić pracę sztabu Ministerstwa Skarbu. Część urzędników ministerstwa zakwaterowana została dzięki zabiegom Rakowskiego w Papieskim Seminarium Wschodnim w Dubni na okres do 14 września. Kwiatkowski urzędował w Łucku (gdzie odbywały się posiedzenia Rady Ministrów w gmachu Izby Skarbowej) wraz z trzema zastępcami. Asygnowano nowe kredyty, troszczono się o bezpieczny wywóz złota i zapasu banknotów Banku Polskiego. Kwiatkowski interweniował w sprawie zwolnienia z opłat celnych towarów niezbędnych dla wojska i ludności cywilnej. Zliberalizował także przepisy dotyczące produkcji cukru i sprzedaży soli.
8 września odbyło się posiedzenie Rady Ministrów, na którym omawiano m.in. sytuację transportu złota. Poza tym Kwiatkowski miał wyasygnować dotacje finansowe dla kresowych miast przelotowych.
Dnia 9 września premier Składkowski i wicepremier Kwiatkowski rozmawiali z prezydentem, przebywającym w zamku w Ołyce, na temat sytuacji frontowej, konieczności utworzenia przedmościa rumuńskiego oraz ustaleń Rady Ministrów podjętych dzień wcześniej w Łucku.
Dnia 14 września Kwiatkowski wraz z żoną i córką Ewą zatrzymał się w Tarnopolu. Tutaj też zjawili się jego zastępcy: Morawski, Kożuchowski, Grodyński. Stąd ewakuowano Ministerstwo Skarbu do Kosowa.
Radosny nastrój wywołany sukcesem wojsk gen. Sosnkowskiego w bitwie pod Wereszyną zakłóciła informacja o wkroczeniu armii radzieckiej na terytorium Rzeczypospolitej. Zaraz po jej otrzymaniu zebrał się rząd który, po rozmowach Józefa Becka z ambasadorem Rumunii i Turcji w sprawie wolnego przejazdu przez Rumunię, postanowił opuścić Kosowo i udać się do Kut. Kwiatkowski w tym trudnym dniu troszczył się o wywiezienie z Polski ostatniego transportu złota, zawierającego cztery tony kruszcu i skarbiec Funduszu Obrony Narodowej. W nocy z 17 na 18 września wraz z prezydentem, Naczelnym Wodzem i premierem wyjechał z kraju. Wiózł ze sobą paczkę zawierającą złote monety i kawałki złota z Mennicy Państwowej, wręczyli mu ją w Łucku dwaj oficerowie wysłani ze stolicy po srebro.
Dnia 18 września na stacji Czerniowce został podstawiony pociąg dla władz polskich. Wagon prezydenta Mościckiego został po drodze odczepiony i skierowany do Bicaz, a wagon marszałka Śmigłego-Rydza wędruje na dalekie południe Rumunii do miasta Craiova. Wicepremier Kwiatkowski (...) pożegnał się z prezydentem i marszałkiem przez okna odczepianych wagonów. Niezwykle przygnębionego Śmigłego zapytał, czy ma jakieś pieniądze zagraniczne. Otrzymawszy odpowiedź, że nie ma żadnych pieniędzy, Kwiatkowski wyjął z portfela jedyny banknot 20-dolarowy, jaki posiadał. Marszałek szybko potwierdził odbiór na bilecie wizytowym swym charakterystycznym wysokim pismem.
Dnia 1 października 1939 r. przestał formalnie istnieć gabinet Składkowskiego, najdłużej urzędujący gabinet II Rzeczypospolitej.
W nocy z 29 na 30 września 1939 r. na zamku w Bicaz Mościcki w porozumieniu z marszałkiem Śmigłym, dotychczasowym swym zastępcą, w asyście ambasadora polskiego w Rumunii Rogera Raczyńskiego położył podpis pod aktem nominacji Władysława Raczkiewicza na prezydenta RP. Ta decyzja dała możliwość natychmiastowej odbudowy legalnych władz naczelnych mogących prowadzić w sprzymierzonej Francji dalszą walkę o wolność i niepodległość Polski. Gabinet Sławoja Składkowskiego 30 września 1939 r. depeszą do prezydenta Raczkiewicza zgłosił swą dymisję, natomiast swój stosunek (prawdopodobnie z inicjatywy Kwiatkowskiego) do internowanego Mościckiego wyraził w następującym telegramie:
Rząd Rzeczypospolitej wyraża najgłębszy hołd Panu Prezydentowi za Jego długoletnią pracę podejmowaną zawsze w imię najwyższych celów Rzeczypospolitej oraz za decyzję powziętą obecnie - w poczuciu pełnego poświęcenia - dla utrwalenia legalnej i czynnej władzy w okresie największych trudności państwa polskiego.
Dnia 3 października na polecenie władz Kwiatkowski przeniósł się do Baile- Herculane w pobliżu granicy jugosłowiańskiej. Znaleźli się tam również: gen. Felicjan Sławoj Składkowski, gen. Tadeusz Kasprzycki, Juliusz Poniatowski, Witold Grabowski, prof. Wojciech Świętosławski, Marian Zyndram-Kościałkowski, Juliusz Ulrych, Emil Kaliński, Wacław Biernacki z rodzinami, oraz duża grupa podsekretarzy stanu i urzędników. Internowano w tej miejscowości także grupę 24 generałów i kilkudziesięciu oficerów polskich.
Kwiatkowski chciał opuścić Rumunię i gotów był nadal pracować dla kraju w nowym rządzie Sikorskiego.
Wpływowe kręgi dyplomacji i sił zbrojnych Francji nie interesowały się we wrześniu i październiku 1939 r. postacią Eugeniusza Kwiatkowskiego. Główną troską Francuzów była wówczas ochrona gen. Sikorskiego i jego ekipy wobec kryzysu zaufania do piłsudczyków. Z osobą Sikorskiego Francuzi wiązali nadzieję na szybką budowę Armii Polskiej we Francji, na zdobycie dla niej ochotników ze Stanów Zjednoczonych.
Przed świętami Bożego Narodzenia dotarła do byłego wicepremiera tragiczna wiadomość o śmierci 25-letniego syna Jana, podchorążego plutonowego artylerii. Święta w Baile-Herculane minęły w smutku i żałobie.
Internowani w Baile-Herculane Polacy zorganizowali dla swych dzieci szkołę. Kwiatkowski uczył w niej geografii, Świętosławski chemii, Maciszewski języka polskiego, gen. Berbecki matematyki. Kierownikiem był gen. Kasprzycki. Poza tym Kwiatkowski w czasie wolnym pogłębiał znajomość języków obcych, szczególnie francuskiego, znał też niemiecki i angielski.
Generał Sikorski na posiedzeniu gabinetu 8 maja 1940 r. zwrócił się niespodziewanie z propozycją zezwolenia na wyjazd do Francji kilku członków dawnego rządu, w tym przede wszystkim Kwiatkowskiego. Wywołało to burzliwą dyskusję. Prof. Kot w zasadzie zgadzał się na wpuszczenie lojalnych, do których zaliczał Sławoja Składkowskiego, Eugeniusza Kwiatkowskiego, twórcę Gdyni i fundamentów Centralnego Okręgu Przemysłowego. Zaleski był za wydobyciem z Rumunii Becka, którego w każdej chwili Niemcy mogli tam zgarnąć i po prostu zamordować. Wszystkich zakrzyczał Stańczyk, sprzeciwiając się jakimkolwiek tego rodzaju aktom liberalizmu. Stanęło na niczym, to jest na powołaniu komisji.
Gen. Sikorski, mimo osobistych próśb Kwiatkowskiego, nie zdobył się w końcu nawet na skromny gest, by ułatwić mu wyjazd z Rumunii. Odrzucił w praktyce jego deklarację gotowości współpracy z nowym rządem.
W marcu 1940 r. byli członkowie rządu zostali przeniesieni do Baile-Gavora. Sytuację Polaków w Rumunii pogorszył fakt opuszczenia 6 listopada 1940 r. tego kraju przez personel ambasady polskiej i ambasadora Rogera Raczyńskiego. Funkcje opiekuńcze nad Polakami przejęło poselstwo szwajcarskie, rząd rumuński natomiast zapewnił uchodźcom środki do życia poprzez wypłacanie zapomóg.
Kwiatkowski żył w osamotnieniu. Jego młodsza córka Ewa przygotowywała się do egzaminu maturalnego w szkole polskiej w Ocnele Mari i mieszkała tam z matką. Starsza Anna ze swym mężem Jerzym Maciejewiczem przebywała w okupowanej Polsce, w Owczarach k. Krakowa. Listy jej i narzeczonej syna Marii Konarskiej były jedynymi bezpośrednimi informacjami o sytuacji w kraju.
W maju 1944 r. przeniósł się do Craiovej, gdzie spotkać mógł wielu znajomych, m.in. dawnego wiceministra oświaty Seweryna Maciszewskiego.
Od 1944 r. Kwiatkowski szczegółowo śledził postępujące sukcesy aliantów. Widać było zbliżający się kres wojny. Od maja 1944 polscy politycy i oficerowie w Rumunii nie byli już internowani. Czekano na zwycięstwo armii antyhitlerowskich nad III Rzeszą.